Os objectivos específicos da investigação são:
- mostrar o gradiente de diversidade de peixes marinhos costeiros ao longo de Portugal continental, Açores e Madeira e compará-lo com outras regiões do Atlântico Nordeste;
- identificar os padrões de afinidades setentrionais e meridionais dos principais taxa de cada região;
- contribuir para a construção de uma base de dados e para a padronização dos métodos de bio-monitorização de peixes costeiros;
- examinar a relação entre a distribuição dos peixes, a latitude, a temperatura superficial da água e outros parâmetros bióticos e abióticos da água do mar;
- determinar as alterações sazonais e latitudinais da composição dos povoamentos de peixes, do recrutamento e época de reprodução;
- avaliar experimentalmente a resiliência e estabilidade dos povoamentos de espécies sedentárias das costas rochosas;
- estudar as variações sazonais e latitudinais da dinâmica trófica de espécies-chave;
- avaliar a sazonalidade e identificar alterações inter-anuais (pesquisa histórica) das espécies-alvo das pescarias costeiras;
- avaliar a importância da variabilidade feno- e genotípica de populações alopátricas de espécies-chave;
- estabelecer um programa de monitorização simultânea de temperatura, salinidade e nutrientes em estações costeiras seleccionadas;
- comparar o papel de factores ambientais, em especial a temperatura e o fotoperíodo, no controlo do ciclo reprodutor em populações de espécies em que se sabe que o período de reprodução é fortemente afectado pela temperatura

Esta investigação é actualmente apoiada pelo seguinte projecto: - PRAXIS XXI - 3/3.2/EMG/1957/95: CLIPE - Efeitos climáticos na ecologia dos peixes litorais: uma aproximação translatitudinal e fenológica.

Referências importantes (posteriores a 1994):
1) Nash, R. D. M., R. S. Santos, A. J. Geffen, G. Hughes & T. R. Ellis 1994. Diel variability in catch rate of juvenile flatfish on two small nursery grounds (Port Erin Bay, Isle of Man and Porto Pim Bay, Faial, Azores). J. Fish Biol., 44: 35-45.
2) Nash, R. D. M., R. S. Santos & S. J. Hawkins 1994. Diel fluctuations of a sandy beach fish assemblage at Porto Pim, Azores. Arquipélago. Life and Marine Siences, 12A: 75-86.
3) Santos, R. S., R. D. M. Nash & S. J. Hawkins 1994. Fish assemblages on intertidal shores of the island of Faial, Azores. Arquipélago. Life and Marine Siences, 12A: 87-100.
4) Santos, R. S. & R. D. M. Nash 1995. Seasonal changes in sandy beach fish assemblage at Porto Pim, Faial, Azores. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 41: 579-591.