O Núcleo Temático Habitats Marinhos tem como objectivo estudar as comunidades bentónicas e piscícolas dos SIC em estudo no Projecto MARÉ, assim como as suas características sócio-económicas (utilização para actividades de lazer, pesca e turísticas). A partir deste trabalho, e em
coordenação com os demais Núcleos, pretende-se obter a informação essencial para a produção de planos de gestão para os SIC, integrando os respectivos valores de conservação e de utilização humana.